Le Bassin peut se diviser en 3 zones :
- le fond, avec ses vasières à zostère naine (ex : Andernos, Arès) et ses prés-salés
- la partie médiane composée de fond sablo-vaseux plus ou moins coquilliers (ex : Ile aux Oiseaux)
- la partie externe (secteur des passes) ou le sable domine largement (ex : Banc d'Argin) en partie sud. Au nord, vers le Cap Ferret, les faciès restent diversifiés, avec de nombreux enrochements vers Hortense
La petite île aux Oiseaux, avec ses célèbres cabanes tchanquées résume à elle seule la mosaïque de paysages du Bassin dans sa globalité :
La périphérie immédiate de l'île abrite les herbiers de la zostère marine (phanérogame en forte régression) qui sont le refuge de nombreuses espèces marines et servent de nurserie. Ces herbiers,
au niveau des pignots, sont le plus souvent inondés.
En remontant, nous trouvons :
- La slikke, portion de l'estran composée de sables fins et vases, inondée et exondée à chaque marée, avec des crassats coquilliers et quelques prairies de zostère naine;
- Le schorre, plateau vaseux recouvert qu'aux grandes marées avec une couverture végétale halophile dense et originale (partie verte en arrière des cabanes);
- la zone parhalienne, tout juste touchée par les marées d'équinoxe, qui concrétise le passage du marais maritime aux formations continentales.
A noter que sur les mêmes formations, en fond de Bassin, le critère de dessalure (apport d'eau douce via le delta de la Leyre, le canal du Porge) favorise les espèces euryhalines, donc certaines différences par rapport à l'île mais moins prononcées qu'au banc d'Arguin, banc de sable à végétation plutôt dunaire.
L'estran, un habitat délicat
Dans cette zone sans cesse découverte et recouverte, les conditions de vie sont difficiles et les organismes qui y séjournent (où y vivent) doivent faire preuve de grande tolérance.
L'estran offre donc une mosaïque d'adaptations répondant à ces conditions qui sont :
- la salinité (35 grammes par litre en pleine mer) qui varie en fonction des pluies mais aussi de l'écoulement des nappes d'eau douce.
- le cycle immersion / émersion qui entraine aussi de brusques changements de température et des risques de dessiccation.
- le vent et la puissance des vagues (sans parler des tempêtes).
Face à cet ensemble de contraintes, plusieurs stratégies existent :
- les organismes se cachent (s'enfouissent où s'abritent sous un rocher) : crabes, vers
- ils secrètent du mucus pour résister à la dessiccation (motelle, anémones)
- ils alternent les types de respiration (blennie)
- ils s'enferment dans leur coquille (balanes) de façon hermétique ou creusent la roche (lithophages) ou le bois (tarets)
- ils se fixent aux substrats durs (rochers, pignots) : moules, huitres, patelles, éponges, etc.)
Ils doivent de plus dans certains cas, être tolérant face à la dessalure où la sursalure
Malgré les contraintes pesant sur cette zone frontière entre terre et mer, la biodiversité y est importante, notamment dans les estrans sablo-rocheux (abords de parc à huîtres, par exemple)